Фамилия Бобунов — классическая русская патронимическая фамилия, образованная от прозвища Бобун с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?» — «сын Бобуна»). Такая модель была самой распространённой в центральной и северной России, особенно среди крестьян и служилых людей, начиная с XVI–XVII веков.

Происхождение самого прозвища Бобун неоднозначно. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным словом «бабун» — так в некоторых говорах называли суслика, земляного зайца. В древнерусской языческой традиции такие прозвища-обереги давали детям, чтобы природный мир принял ребёнка как своего и наделил его качествами зверька — например, осторожностью или плодовитостью. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в регионах, где суслики были обычны: в Поволжье, на Урале, в степных областях.

Вторая гипотеза отталкивается от слова «боб». В русских, украинских и польских говорах «боб» мог означать любое зерно стручковых, а фразеологизм «наесться бобов» имел значение «забеременеть». Соответственно, Бобуном в народе могли называть многодетного мужчину — отца большого семейства. Эта версия менее распространена в научной литературе, но имеет бытовую логику: прозвище по количеству детей давали часто.

Интересная деталь: фамилия Бобунов — редкая по сравнению с однокоренными Бобов, Бобин, Бобнев. Редкость объясняется тем, что прозвище Бобун не было широко употребительным, а суффикс -ун в русских прозвищах часто придавал оттенок характерности или склонности к действию (крикун, молчун). В случае с Бобуном этот суффикс мог указывать на человека, который «бобует» — то есть ведёт себя как бабун (суслик) или, по другой версии, любит бобы. Однако точного глагола «бобунить» в диалектах не зафиксировано.

В современных справочниках фамилия Бобунов не имеет ярко выраженной сословной привязки: её носители встречались и среди крестьян, и среди мещан. Географически чаще всего она фиксируется в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях, что косвенно поддерживает версию о «земляном зайце» — в этих краях суслики водились в изобилии.