Фамилия Бодоновы, как и многие русские фамилии, образовалась от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Бодон, которое, по одной из версий, восходит к бурятскому слову «бодон» — «мысль». Если принять эту этимологию, то прозвище могли дать человеку умному, склонному к размышлениям и философствованию. Однако стоит отметить, что происхождение от бурятского корня не единственная возможность: в русских говорах слово «бодон» могло иметь и другие, более приземлённые значения, например, связанные с физической силой или упрямством (ср. глагол «бодать»). В таком случае прозвище могло характеризовать человека бодливого, драчливого или просто упёртого.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Бодон- добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бодона). Это типичный способ формирования фамилий у восточных славян. Суффикс -ов чаще всего присоединялся к основам на твёрдый согласный, что мы и видим в данном случае.

О точной географии фамилии Бодоновы судить сложно: она встречается как в европейской части России, так и в Сибири, что не противоречит обеим версиям происхождения. Если прозвище действительно восходит к бурятскому языку, это указывает на возможные контакты предков с бурятской культурой, что особенно вероятно для Забайкалья или Прибайкалья. Если же корень исконно русский, фамилия могла возникнуть в любом регионе, где бытовало соответствующее прозвище. В любом случае, фамилия Бодоновы — не просто родовое имя, а отражение тех качеств, которые заметили в предке его современники.