Фамилия Бодон — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, без привычных русских суффиксов -ов или -ин. В этом её главная особенность: она не «принадлежащая Бодону», а сам Бодон. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в Беларуси, где модель «голого» прозвища (без фамильного форманта) была распространена шире, чем в великорусских землях.

Само слово «бодон» или «бодня» в южнорусских и украинских говорах означало кадушку, бочонок, долблёную посудину для мёда или зерна. Прозвище Бодон могли дать полному, плотному человеку — по сходству с бочкой. Но есть и вторая, не менее вероятная версия: в тех же говорах «бодоном» называли упрямца, человека, который «бодается», то есть спорит, стоит на своём. В этом случае фамилия уходит корнями в характер предка.

Менее очевидная, но возможная связь — с тюркскими языками. В татарском «бодан» означает «тело, туловище», а в казахском «боден» — перепел. Если носитель фамилии происходит из регионов смешанного славяно-тюркского населения (южные степи, Поволжье), нельзя исключать, что основа не славянская, а заимствованная. Однако для центральной России и Украины первая, «бочарная» версия остаётся основной.

Фамилия не получила широкого распространения, её носители рассеяны небольшими гнёздами. В документах XVII–XVIII веков она почти не встречается — скорее всего, предки были крестьянами или казаками, которых редко записывали в переписи. Со временем часть Бодонов могла «обрусеть» и превратиться в Бодоновых, но первоначальная форма сохранилась у тех, кто жил на территориях, где фамильные суффиксы долго не приживались.