Фамилия Бодоненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, изначально означавший «маленький» или «сын» (то есть «чей-то потомок»), стал самым массовым в украинской ономастике, особенно на Левобережной и Степной Украине. Бодоненко — буквально «потомок (сын) Бодона», где Бодон — это прозвище или некалендарное личное имя, которое и легло в основу фамилии.

Корень «бод-» в славянских языках связан с действием «бодать», «боднуть» — то есть толкать рогами, колоть. Отсюда прозвище Бодон могли дать человеку с крутым нравом, упрямому, «бодливому», который постоянно лез в ссоры или споры. В диалектах встречаются родственные слова: «бодня» — кадка или бочка (здесь возможна другая версия — прозвище по профессии бондаря), а также «бодень» — кол, шест. Однако в случае с Бодоненко наиболее вероятна именно характеристика характера: прозвище Бодон звучит как уменьшительно-уничижительная форма от «бодатель» или «бодун».

Спорных версий немного. Иногда основу возводят к тюркскому «бодун» (народ, племя) или к греческому имени Водон (через искажение), но эти гипотезы слабы: украинская модель -енко требует славянской основы прозвища, а не заимствованного этнонима. Географически фамилия Бодоненко встречается в основном в центральных и южных областях Украины (Черкасская, Кировоградская, Днепропетровская), что подтверждает её украинское происхождение. В России фамилия редка и обычно фиксируется у потомков переселенцев с Украины.

В сословном плане Бодоненко — типичная фамилия казацкой или крестьянской среды. Украинские фамилии на -енко в XVI–XVII веках активно формировались среди реестровых казаков и свободных поселян, поэтому предки носителя фамилии могли быть как рядовыми казаками, так и крестьянами-земледельцами. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это «народная» фамилия, которая не попала в родословные книги Российской империи.