Фамилия Бодоненкова — женская форма от Бодоненков, а та, в свою очередь, образована по распространённой в XVI–XVII веках севернорусской и сибирской модели с суффиксом -енков. Этот суффикс — региональный вариант более привычного южнорусского -енко (Бодоненко), но с твёрдым окончанием, свойственным говорам Архангельской, Вологодской, Вятской губерний и земель за Уралом. Таким образом, фамилия сразу указывает на вероятную родину предков — Русский Север или Сибирь, куда переселенцы принесли этот говор.

Основа фамилии — прозвище Бодоня. В русских диалектах слово «бодонить» означало «колоть, тыкать, бодать», а «бодоня» — того, кто бодается, упрямого человека, задиру. В некоторых говорах так могли назвать и человека с торчащими вперёд зубами или крупным лбом — по сходству с быком, который «бодает». Прозвище было не обидным, а скорее характеризующим: его давали людям с крутым нравом или настойчивым характером.

Встречается и менее вероятная версия — от карельского или вепсского корня, где «boda» означало «живот» или «брюхо». Тогда Бодоней могли прозвать полного, упитанного человека. Это объяснимо для северных территорий, где славяне жили вперемешку с финно-угорскими народами, но менее типично для прозвищной модели — скорее это уже случайное созвучие.

Фамилия редкая. В современных справочниках она не фигурирует среди массовых, и её носители в основном сосредоточены в Кировской области, Пермском крае и на Урале — то есть в зоне расселения выходцев с Севера. Если ваши предки — Бодоненковы, можно с высокой вероятностью предположить, что родословная тянется в Вятку или Прикамье, а родоначальник носил прозвище за неуступчивый или бойкий характер.