Фамилия Бодонова — женская форма, а мужская, Бодонов, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на твёрдый согласный плюс суффикс -ов. Это указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, а сама фамилия, скорее всего, закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где такие патронимические фамилии вытеснили более древние бессуффиксные прозвания.

Корень «бодон» не является ни каноническим славянским именем, ни очевидным географическим названием. Самое прямое объяснение лежит в диалектной лексике. В русских говорах, особенно сибирских и уральских, «бодон» или «бодяга» — это прозвище для человека крупного, неуклюжего или медлительного, иногда с оттенком «увалень». Слово могло произойти от глагола «бодать» (бодаться) — то есть не только физически бодливый, но и сварливый, задиристый человек. В этом случае предок Бодоновых получил прозвище за характер или внешность, и оно закрепилось за его потомками.

Менее вероятная, но возможная версия — тюркское происхождение. В башкирском и татарском языках есть слово «бодон» (вариант «бутон»), означающее «племя, род, поколение». В таком случае фамилия могла возникнуть у крещёных татар или башкир, где «Бодон» было личным именем-пожеланием (чтобы был продолжателем рода). Однако русская модель образования с суффиксом -ов для тюркских имён тоже стандартна, поэтому окончательно выбрать одну версию можно только зная конкретную историю семьи.

Географически фамилия Бодоновы встречается в Забайкалье, Бурятии и Иркутской области. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в сибирских говорах слово «бодон» как прозвище было в ходу. Кроме того, в этих краях фамилия могла закрепиться и у бурят, где «бодон» созвучно с местными словами, но тогда написание через «о» было бы скорее русификацией бурятского «бодо» (реальный, настоящий). Таким образом, Бодонова — фамилия с ярко выраженным региональным колоритом, указывающая либо на характер предка, либо на его этническое происхождение в зоне русско-бурятского контакта.