Фамилия Бодонов образована от прозвища Бодон, которое восходит к бурятскому «бодон», что в переводе на русский язык означает «мысль». Вероятно, таким прозвищем нарекли умного, сообразительного, мудрого человека, который любил много размышлять и философствовать. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бодон, со временем получил фамилию Бодонов.