Фамилия Боганцева — женская форма фамилии Боганцев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — «Боган-», а суффикс «-цев» указывает на принадлежность: буквально «чей?» — Боганцев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Боган, Боганец.

Самая вероятная версия связывает прозвище Боганец с древнерусским словом «боган» — так в некоторых говорах называли богатого, зажиточного человека, «богатея». В этом случае фамилия образована по той же модели, что и Богатов, Богачёв, и указывает на социальное положение предка: его выделяли как состоятельного крестьянина или купца. Менее распространённая гипотеза — от имени Богдан в его сокращённой, народной форме Боган. Имя Богдан («Богом данный») давали в семьях, где ребёнок рождался после долгих молитв или считался долгожданным. Усечение имени до Боган — типичный для русской ономастики приём (сравните: Иван — Иванец, Пётр — Петранец).

Суффикс «-ев» в фамилии Боганцев (а не «-ов») подсказывает, что основа прозвища оканчивалась на мягкий или шипящий согласный: Боганец — Боганцев. Такое окончание характерно для северных и центральных областей России, а также для некоторых регионов Поволжья. Это позволяет предположить, что географические корни фамилии — не южнорусские степи, а скорее земли бывших Новгородских пятин или Владимирского ополья.

Фамилия редкая, в дореволюционных метрических книгах встречается спорадически, в основном в среде государственных крестьян и мещан. В дворянские родословные книги Боганцевы не попали, что тоже косвенно подтверждает «прозвищное» происхождение от незнатного, но хозяйственного человека.

Единственный нюанс: из-за редкости фамилии не стоит исключать и вариант, что в основе лежит не русское, а тюркское или финно-угорское слово, переосмысленное на русской почве. Например, в тюркских языках «баган» — столб, опора, а в некоторых диалектах марийского «боган» — крепкий, коренастый. Но для фамилии Боганцева эта версия менее убедительна: суффикс «-цев» — чисто русский, славянский, что говорит о том, что прозвище уже в XVI–XVII веках бытовало в русскоязычной среде.