Фамилия Боганцов — наглядный пример того, как редкая словообразовательная модель может рассказать о происхождении больше, чем очевидная основа. Основа здесь — «боган», но это не имя и не прозвище напрямую, а скорее всего усечённая форма крестильного имени Богдан. В русской ономастике известен приём: от полного имени отсекали конечный слог, а оставшуюся часть оформляли суффиксами. Так Богдан превращался в Богана, а от него уже шли фамилии типа Боганов, Боганин — и Боганцов с уникальным суффиксом -цов.

Суффикс -цов в русских фамилиях встречается редко. Он образуется от прозвищ или названий на -ец: например, Кузнец → Кузнецов, Молодец → Молодцов. В случае Боганцов исходным словом могло быть «боганец» — так в некоторых говорах называли человека, которого считали «божьим», счастливым или удачливым, либо того, кто носил имя Богдан в уменьшительной форме. Суффикс -ец придавал слову оттенок принадлежности или характерности, а затем стандартный патронимический суффикс -ов закрепил фамилию в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Боганцов, то есть сын Боганца.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и, возможно, украинским землям. Форма с суффиксом -цов чаще встречается в южных областях России, где были сильны малороссийские говоры. В центральных и северных регионах преобладали бы варианты Богданов или Боганов. Боганцов — более локальный, «штучный» вариант, который мог закрепиться в одной местности или даже в одном роду. Сословно фамилия не указывает на дворянство: такие модели типичны для крестьян и мещан, у которых фамилии складывались из уличных прозвищ.

Версия о связи с церковнославянским «бог» и словом «ганец» (гонец) — искусственна и лингвистически неправдоподобна: в русском языке нет органичного соединения «бог» с корнем «ган-» в значении «гнать». Скорее всего, перед нами чисто русская адаптация имени Богдан через промежуточную форму Боганец, которая со временем дала фамилию Боганцов.