Фамилия Богаудинова — женская форма мужской фамилии Богаудинов. В основе лежит арабское имя Багаутдин (Богаутдин), которое переводится как «краса веры» или «великолепие религии» (от «бага» — красота, блеск и «дин» — вера). Это сложносоставное теофорное имя, типичное для мусульманских народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии. В русской передаче оно могло получить огласовку «о» в первом слоге под влиянием народной этимологии или местного диалекта.

Модель образования фамилии проста и распространена: к восточному имени Богаудин добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Такой способ формирования фамилий характерен для татар, башкир, кумыков и других народов, долгое время живших в составе Российской империи. Фамилия закрепилась в XIX — начале XX века, когда у тюркских и кавказских народов начался массовый переход от отчеств к наследственным фамилиям по русскому образцу.

Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком религиозным или уважаемым в общине — имя Багаутдин давали в честь известных богословов и суфийских шейхов. Встречается и вариант написания Багаутдинова — он ближе к арабскому оригиналу, но форма с «о» не является ошибкой: она отражает реальное произношение в некоторых тюркских языках, где безударный «а» редуцируется до «о» или «у».

Фамилия редкая, даже в республиках Северного Кавказа и Татарстане. Её носителей можно встретить в Дагестане, Чечне, а также среди татарской диаспоры. Географическая привязка слабая, что говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии и отсутствии единого родового гнезда.