Фамилия Богдонов — редкий случай, когда на слуху привычное «Богданов», а написание с буквой «о» во втором слоге сразу настораживает. Но это не ошибка и не искажение, а самостоятельная модель образования. Чтобы разобраться, смотрим на суффикс. В русских фамилиях суффикс -ов — самый распространённый патроним (отчество), указывающий на отца: чей сын? — Богданов. А вот -онов — вариант, который встречается реже и почти всегда связан с иноязычной или диалектной основой. В случае Богдонова основа не Богдан, а Богдон — либо усечённая форма имени Богдан (как в говорах могли сказать «Богдон» вместо полного имени), либо прозвище от тюркского или калмыцкого слова «богдо» — «святой, священный». У калмыков и бурят «Богдо» — титул высшего ламы, а у монгольских народов «богдон» — человек, связанный со святыней. Таким образом, фамилия Богдонов могла возникнуть в двух разных средах: у русских крестьян, где имя Богдан редуцировали до Богдон (и сына записывали как Богдонов), или у крещёных калмыков, астраханских татар, где прозвище Богдон переделали на русский лад с суффиксом -ов. География фамилии это подтверждает: Богдоновы встречаются в Нижнем Поволжье, Астраханской области, Калмыкии — то есть в зоне контакта русского и степного населения. В центральных областях России фамилия почти не встречается, что косвенно говорит о её южном или восточном происхождении. Ещё одна версия — отчество от мирского имени Богдон, которое давали ребёнку в крестьянской семье, желая подчеркнуть «богоданность», но уже в местном произношении. Словообразовательно фамилия проста: основа + суффикс -онов, где ударение, скорее всего, падает на второй слог — Богдо́нов, хотя в быту могли говорить и Бо́гдонов. Разница с массовой фамилией Богданов — не в смысле, а в пути, которым имя прошло через говор или национальную среду. Если ваши предки — Богдоновы, стоит искать их корни не в центральных губерниях, а в казачьих станицах или степных поселениях юга России.