Скорее всего, Богда — это ласкательная форма древнерусского мужского имени Богдан, имеющего значение «данный Богом». Одним из покровителей имени Богдан считается святой мученик Феодот Кесарийский, принявший при крещении имя Богдан. Согласно другой версии, фамилия Богдюн происходит от прозвища Богдя или Богда, образованного от слова «богдашка». В старину так называли всех некрещеных еще младенцев. Возможно, основатель рода Богдюн так и остался некрещеным, за что и получил подобное прозвище. Суффикс -юн может указывать на украинское или белорусское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Богда, со временем получил фамилию Богдюн.