Фамилия Богомоев — редкий случай, где основа ясна почти сразу, а вот суффикс заставляет задуматься. В ней отчётливо слышится слово «Бог» и глагольная часть «-мое-», что сразу наводит на мысль о прозвище, связанном с богослужением или отношением к вере. Но в русской ономастике фамилии, образованные от глагола «мыть» с корнем «мой», встречаются (Моев, Моев), а вот «Богомоев» — штучный товар.

Скорее всего, перед нами прозвище Богомой. В говорах «богомой» могли называть человека набожного, усердного в молитве, который буквально «моет» себя молитвой, очищается. Либо — и это правдоподобнее — прозвище давали тому, кто мыл и убирал в церкви, заботился о чистоте храма. Такая должность была реальной: при церквях были сторожа, звонари, просвирни и «богомои» — люди, следившие за порядком и чистотой. Прозвище закрепилось за родом, а суффикс -ев добавил значение «сын Богомоя» или «из семьи Богомоя».

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный: Богомой → Богомоев. Это стандартная модель для русских фамилий, но сам корень «мой» в сочетании с «бог» встречается крайне редко. В словарях можно найти единичные примеры фамилии Богомоев, в основном с территории бывшей Вятской губернии и севера России — там, где церковная жизнь была плотной, а прозвища — цепкими.

Версия о том, что фамилия восходит к имени Богомол (богомольный человек) с последующей переделкой в Богомоев, маловероятна: звуковой переход «л» в «й» в этом случае нехарактерен. Гораздо проще считать, что исходное прозвище было именно Богомой, а не Богомол.

Таким образом, предки современных Богомоевых — скорее всего, люди, чья жизнь была связана с церковью не как священнослужители, а как трудники: сторожа, уборщики, те, кто «мыл Бога» в прямом и переносном смысле. Фамилия недвусмысленно указывает на род занятий, а не на характер — и в этом её историческая ценность.