Фамилия Богомольникова — женская форма, мужская — Богомольников. В её основе лежит не столько церковное понятие, сколько конкретное социальное явление. Корень «богомол» в древнерусском языке означал не только насекомое, но и человека, который много молится, ходит по святым местам, паломника. В словаре Владимира Даля «богомол» — это прежде всего «богомолец, странник, идущий на поклонение святыням». Однако суффикс «-ник» в фамилии Богомольников указывает не на разовое действие, а на род занятий или постоянное качество. Богомольник — это не просто паломник, а человек, который либо сам постоянно странствовал по монастырям, либо, что вероятнее, был профессиональным проводником для богомольцев.

В русских говорах, особенно в северных и поволжских, «богомольниками» называли нищих, которые кормились подаянием при церквях, или тех, кто за плату молился за других. Фамилия образована по типичной модели «прозвище + суффикс принадлежности -ов»: Богомольник → Богомольников, то есть «сын Богомольника». Модель с суффиксом -ников встречается реже, чем простые -ов или -ин, и указывает на более позднее оформление фамилии — в XVII–XVIII веках, когда прозвища на -ник активно превращались в наследственные именования.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Богомольник — чаще всего в Ярославской, Костромской и Вологодской землях, где были развиты монастырские хозяйства и паломнические тропы. Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет: связь с церковной лексикой очевидна, а попытки вывести её от редкого языческого имени «Богомол» (как охранительного имени-оберега) выглядят натяжкой — таких имён в святцах и берестяных грамотах не зафиксировано.

В отличие от распространённых Богомоловых или Богомольцевых, фамилия Богомольников сохраняет редкий суффикс -ник, который подчёркивает именно деятеля, а не просто молящегося. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был не случайным странником, а человеком, чей образ жизни или профессия были связаны с богомольем — возможно, он водил обозы паломников в Киев или на Соловки, либо жил при монастыре, обеспечивая приют богомольцам.