Фамилия Богомольник — редкий пример того, как церковная лексика закрепилась в русском прозвище. Она происходит от слова «богомолец» — так называли того, кто постоянно молится, усердно посещает службы или отправляется в паломничество по святым местам. Скорее всего, Богомольником в народе прозвали глубоко верующего, набожного человека, для которого вера была не просто обрядом, а образом жизни.

Модель образования фамилии нетипична для русской ономастики. Обычно фамилии на -ник образуются от названий занятий (охотник, рыбник), а здесь — от характеристики человека по его отношению к вере. Суффикс -ник придаёт значению оттенок постоянного действия или свойства: богомольник — не тот, кто однажды сходил в церковь, а тот, для кого молитва — повседневное дело.

Встречается и альтернативное толкование: будто бы в основе лежит мирское имя Богомольник, данное по насекомому — богомолу. Такая версия правдоподобна лишь отчасти: в дохристианской традиции детям действительно могли давать «защитные» имена от названий животных и насекомых, но в случае с богомолом имя звучало бы скорее как Богомол, а не Богомольник. К тому же в русском именослове нет устойчивых примеров, чтобы прозвище от насекомого перешло в фамилию с суффиксом -ник. Поэтому версия с «паломником» выглядит убедительнее.

Фамилия Богомольник почти не встречается в центральных губерниях России — её география тяготеет к юго-западным и западным регионам, особенно к территории современной Украины и Беларуси. Там слово «богомольник» бытовало в живом языке дольше, чем на севере, и могло закрепиться как фамилия в среде крестьян или мещан. Сословных данных о носителях мало, но, судя по словообразованию, фамилия не дворянская и не семинарская: её давали в народе, а не в консистории.

В написании фамилии возможны варианты: Богомольник и Богомольнык (под влиянием украинской фонетики). В русском языке ударение падает на второй слог: Богомо́льник. По той же модели образованы фамилии Молельник, Поклонник, но Богомольник остаётся одной из самых редких — её носителей в современных базах данных насчитываются единицы.