Оно ведет свое начало от нарицательного «богомолец» - «тот, кто молится Богу, посещает церковные службы», «паломник». Вероятно, Богомольником прозвали глубоко религиозного, верующего человека. Согласно другой гипотезе, в основе данной фамилии лежит мирское имя Богомольник, произошедшее от существительного «богомол» - «хищное насекомое».