Фамилия Бокенова образована от мужского имени Бокен, которое, скорее всего, является производной формой от полного канонического имени. В православных святцах нет имени Бокен, но оно могло возникнуть как обиходная, уменьшительная форма от таких имен, как Богдан, Бонифатий или, что вероятнее, от тюркского имени Бокей. Второй вариант более правдоподобен, если учесть, что фамилия Бокенова распространена в среде народов Поволжья и Приуралья, особенно у казахов, татар и башкир. В этих языках «бокен» может означать «олень» или «косуля» (сравните с казахским «бөкен»), и такое имя-прозвище давали быстрому, стройному или пугливому человеку.

Словообразовательная модель проста: к основе Бокен добавили русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Бокенов), а окончание -а обозначает женскую линию рода. Таким образом, Бокенова — это «дочь (или жена) Бокена». В русской традиции фамилии на -ов/-ев фиксировались у крестьян и мещан позже, чем у дворян, — в основном в XVIII–XIX веках, когда составлялись ревизские сказки. В тюркской же среде такие фамилии часто появлялись при русификации документов, поэтому носители фамилии Бокенова — это, как правило, потомки людей, принявших православие или живших в смешанных регионах.

Встречается фамилия в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Казахстане. Встречаются варианты написания с одной «н» (Бокенова) и двойной (Боккенова), но первый вариант исторически более точен, так как в основе лежит краткое имя, а не заимствованное слово с удвоением. Социальный состав носителей неоднороден: среди Бокеновых есть и сельские жители, и городские, но фамилия не принадлежала к дворянским родам — её корни уходят в крестьянскую и казачью среду.