Фамилия Бохолдин образована от прозвища Бохолда, и в её основе лежит живое диалектное слово, распространённое в нескольких регионах России. Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным «бахолда» — в пермских и костромских говорах так могли назвать бахвала, самохвала или неопрятного человека. В тамбовских и воронежских говорах бахолдой называли балаболку или подвеску — то есть украшение, которое болтается. Отсюда возможна и вторая линия: прозвище мог получить человек, любивший носить такие подвески или сам болтливый и подвижный. Менее убедительна версия, выводящая прозвище из нижегородского слова «бахалда» — бойкая, крикливая баба; она сужает круг носителей и не объясняет форму Бохолда так же естественно, как чередование гласных а/о под влиянием окающих говоров.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бохолдин — это «сын Бохолды». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а. Само прозвище, скорее всего, было дано по внешней или поведенческой черте, заметной окружающим, — хвастовству, неопрятности или любви к ярким украшениям. Таким образом, в основе фамилии лежит не имя, а характеристика человека, которая со временем закрепилась за его потомками.