Фамилия Бохолдина — женская форма, а мужская, Бохолдин, образована от прозвища Бохолда. В основе прозвища, скорее всего, лежит диалектное слово «бахолда». В пермских и костромских говорах так называли бахвала, самохвала или неопрятного человека. Значит, прозвище могло указывать на определённые черты характера или внешности предка.

В тамбовских и воронежских говорах у слова «бахолда» другое значение — балаболка, подвеска. Возможно, прозвище получил человек, любивший носить такие украшения. Менее вероятная версия связывает фамилию с нижегородским словом «бахалда» — бойкая, крикливая баба. Чередование гласных а/о в корне (бахолда → Бохолда) объясняется влиянием окающих говоров, где на месте безударного «а» произносят «о».

Таким образом, прозвище Бохолда закрепилось за человеком как основное именование, а затем перешло в фамилию Бохолдин. Принадлежность к роду обозначил суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от слов женского рода или прозвищ на -а/-я. Потомок человека с прозвищем Бохолда со временем получил фамилию Бохолдин, а его дочь или жена — Бохолдина.