Фамилия Боклинкэ — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую попытку искать славянские корни. Фонетика и окончание прямо указывают на молдавское или румынское влияние: суффикс -кэ (в румынской графике -că) типичен для фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий. В русском языке такой суффикс не встречается, поэтому версия о том, что фамилия пришла из Бессарабии или Молдавии, — самая правдоподобная.

Основа «Боклин» скорее всего восходит к румынскому слову «boclu» или «bocli» — так в некоторых диалектах называли горбуна или сутулого человека. Суффикс -кэ в таком случае работал как уменьшительный или прозвищный: Боклинкэ — «горбунок», «маленький сутулый». Альтернативная, но менее вероятная версия связывает основу с «boc» — баран (отсюда же русское «баран»). Тогда Боклинкэ могло означать «барашек», то есть прозвище пастуха или человека с кудрявыми волосами.

В пользу молдавского происхождения говорит и типичная для тех мест модель образования фамилий: к основе добавляли -кэ, и она становилась наследственной, часто без изменения по родам. В русской среде такую фамилию могли записать на слух, и написание «Боклинкэ» вместо румынского «Boclinică» — результат адаптации кириллицей. Географически носители фамилии встречаются в основном на юго-западе России, в Молдавии и на Украине, что подтверждает региональную привязку.

С точки зрения социального контекста, фамилия не аристократическая, а скорее крестьянская или ремесленная: прозвища по внешности или занятию давали простым людям. В дворянских родословных книгах Боклинкэ не фигурирует. Если искать аналоги в русском языке, то ближе всего фамилии вроде Горбунов или Баранов — по той же логике, но с другим суффиксом.