Фамилия Боктаев — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её можно разобрать по составу: основа «Бокта-» и типичный русский фамильный суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Боктая). Значит, ключ к разгадке — в исходном личном имени или прозвище Боктай.

Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским корням. В тюркских языках, особенно в казахском, татарском и башкирском, слово «бокта» или «букта» может означать «запруда», «преграда», «затор» или, в переносном смысле, «упрямый», «крепкий», «несгибаемый». Прозвище Боктай могли дать человеку с твёрдым характером, который «стоит на своём» или, наоборот, того, кто жил у запруды на реке. В пользу этой версии говорит и характерное окончание «-ай», частое в тюркских именах (Кунай, Токай, Мамай). Фамилия могла появиться в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов, вошедших в состав русского государства, и оформиться по русской модели.

Есть и менее очевидная, но возможная версия — от калмыцкого или монгольского слова «бокто» (богто), что значит «святой», «священный». В таком случае Боктай — это адаптированное на русской почве имя, которое давали в буддийских семьях. Географически фамилия Боктаев действительно встречается в регионах с тюркским и монгольским населением: в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане, а также среди калмыков. Однако в открытых источниках нет массовых данных, чтобы точно привязать её к одному народу — фамилия остаётся штучной.

Суффикс «-ев» в фамилии Боктаев, а не «-ов», указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й» (Боктай → Боктаев). Это типичная модель для фамилий, образованных от имён с конечным «-ай»: Кунаев, Токаев, Шамаев. Если бы основа звучала как «Бокта», мы бы получили Боктин, но здесь именно именная форма с аффиксом принадлежности.

Таким образом, предок носителя фамилии Боктаев, скорее всего, был человеком с тюркским именем Боктай — либо крепким и упрямым по характеру, либо жившим у водной преграды. Фамилия не дворянская и не крестьянская в привычном русском смысле — она возникла на стыке культур, что делает её интересным примером межэтнического заимствования в ономастике.