Фамилия Бокушева — женская форма фамилии Бокушев. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужских через прибавление суффикса -а, и в большинстве случаев это указывает на то, что носительница — дочь или жена Бокушева.

Мужская основа, Бокушев, скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени Бокуш. В русских говорах слово «бок» имело множество переносных значений: так могли называть человека, который ходит боком, косолапит, или того, кто держится особняком, «сбоку» от коллектива. Суффикс -уш- в таких прозвищах (сравните: Голова — Головуш, Борода — Бородуш) придавал оттенок ласкательности или, наоборот, ироничного уменьшения. То есть Бокуш — это «маленький бок», человек с заметной особенностью походки или фигуры.

Версия с тюркским корнем также правдоподобна, хотя и менее очевидна. В некоторых тюркских языках «боку» означает «грязь» или «навоз» — такое прозвище могло закрепиться за крестьянином, работавшим с землёй, или за человеком неопрятного вида. Однако для фамилий, оканчивающихся на -ев, характернее славянская основа, а тюркские заимствования чаще дают окончание -ов (например, Боков). Поэтому версия с прозвищем от «бока» выглядит более естественной.

Фамилия редкая, не имеет выраженной географической привязки, но по модели образования — типично крестьянская, из тех, что массово закреплялись после отмены крепостного права в XIX веке. Владелец фамилии Бокушев, скорее всего, был простым человеком, получившим прозвище от соседей или помещика за какую-то внешнюю или поведенческую черту.