Фамилия Болахнина — женская форма от Болахнин, и ее разумнее начинать разбирать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Болахна. Слово «болахна» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное связано с болотом: «болахна» — это топь, зыбкое место, трясина. Прозвище Болахна могли дать человеку, жившему у болота, или, реже, медлительному, вязкому в делах человеку.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность. Болахнин — «сын Болахны», «из рода Болахны». Фамилия довольно редкая, и ее география, по данным разрозненных записей, тяготеет к Вологодской и Архангельской губерниям, где болотистая местность — обычное дело.

Есть и другая, менее распространенная версия. В некоторых говорах «болахна» означала «большой кусок», «глыба» (например, болахна хлеба). Тогда прозвище могло относиться к крупному, плотному человеку. Однако связь с болотом лексически более прозрачна и подкреплена топонимикой: в тех же краях встречаются урочища и ручьи с корнем «болахн-».

Фамилия Болахнина не имеет отношения к дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Это крестьянская или посадская фамилия, возникшая не позднее XVII века, когда прозвища на -а и -о активно превращались в фамилии на -ин. Встречаются варианты написания через «о» (Болохнина) — это результат аканья, когда безударная «а» произносится как «о», и наоборот, в письме могли путать. Сейчас фамилия сохраняется в основном на Русском Севере, изредка — в Сибири, куда переселенцы увозили ее с собой.