Фамилия Болохнина — женская форма фамилии Болохнин, и её разбор стоит начать с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Болохнин — «чей?» Болохнин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Болохна. В русской ономастике это типичная патронимическая модель, характерная для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Корень фамилии — «болохн-» — вызывает вопросы. Самая прямая версия связывает его со словом «болохна» или «блоха» в диалектном произношении. В некоторых говорах, особенно вятских и вологодских, «болохна» означало блоху. Прозвище Блоха давали мелкому, вертлявому или назойливому человеку. Такие «насекомые» прозвища (Жук, Комар, Муха) в крестьянской среде были обычны и не несли оскорбления — скорее, подмечали внешность или характер.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — связь с топонимом Болохна. В исторических документах встречается название реки Болохна в бассейне Оки, а также села Болохново в Костромской области. Переселенцы из этих мест могли получить фамилию по месту выхода: «болохнин» — выходец с Болохны. Однако такая модель (без суффикса -ский) редка и обычно требует дополнительных подтверждений.

Интересно, что фамилия Болохнин не встречается в массовых списках дворянских родов — это крестьянская или мещанская фамилия. По переписям XIX века, носители сосредоточены в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с -ин от прозвищ на -а/-я разбирается как архаичная, и Болохнин вписывается в этот ряд.

Сейчас фамилия редкая. Встречается в основном в варианте Болохнина у женщин, что отражает старую традицию склонения по женскому роду, сохранившуюся в документах. Если ваш предок — Болохнин, скорее всего, он был крестьянином из северных или заволжских земель, а прозвище получил за резвость или малый рост.