Фамилия Болохнин — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с характером или внешностью. Ключ к разгадке — слово «болохна», которое в русских говорах означало «неповоротливый, медлительный человек», а иногда и «разиня, ротозей». В словаре Даля встречается близкое «болохня» — «мешок, кулёк», что тоже намекает на неуклюжесть. Таким образом, предок-родоначальник получил прозвище Болохна за свою медлительность или, возможно, за некоторую неряшливость.

Модель образования прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Болохнин буквально означает «сын Болохны» или «из семьи Болохны». Это одна из самых распространённых моделей для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия стоит в одном ряду с такими, как Болдырев, Грязнов, Косов — все они пошли от прозвищ, описывающих человека.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях, где диалектное слово «болохна» было в ходу. Встречается и в Рязанской области, но реже. Носители фамилии, судя по архивным записям XIX века, были преимущественно крестьянами и мещанами — никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересно, что существует и более редкая версия, связывающая фамилию с гидронимом — рекой Болохна в бассейне Оки. Однако она менее убедительна: для фамилий, образованных от названий рек, чаще использовали суффикс -ский (Болохинский), а не -ин. Поэтому прозвищное происхождение остаётся основным и самым логичным.