Фамилия Болбышкина принадлежит к древнему пласту русских фамилий, образованных от прозвищ. В её основе лежит слово «болбышка» или «болбыш». В русских говорах так называли округлый предмет, шишку, нарост, комок — а также человека приземистого, плотного телосложения или с заметной особенностью внешности, например, с шишкой на голове. Прозвище могли дать и по характеру: «болбышкой» нередко называли ворчуна, брюзгу или человека, который говорит невнятно, «булькает».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Болбышкин — значит «сын Болбышки», а Болбышка — либо прямое прозвище, либо уменьшительная форма от неканонического имени Болбыш. Такие имена-прозвища были в ходу на Руси до XVIII века, их давали в быту, и они часто переходили в фамилии без изменений.

Фамилия редкая, с ярко выраженной северной или северо-западной окраской. Суффикс -ышк- характерен для говоров Новгородчины, Пскова, Вологды и Архангельской области. В этих краях слово «болбышка» фиксируется в диалектных словарях как «шишка, жёлудь, нарост на дереве». Возможно, предок носительницы фамилии жил в лесной местности и получил прозвище за сходство с корявым деревом или за сбор лесных орехов и шишек.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, Болбышкина сохранила архаичный суффикс, который в фамилиях закрепился реже. Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в крестьянской среде, где прозвища передавались по наследству без переоформления в стандартные патронимы. Женская форма Болбышкина — естественное окончание, указывающее на то, что фамилия закрепилась за женщиной в документах или что носительница — дочь или жена Болбышкина.

Спорных версий немного. Соблазнительно связать корень с тюркским «балбыш» (каменное изваяние), но для русского прозвища это натяжка: слово «болбышка» исконно славянское, звукоподражательное, от «буль, бол» — вздутие, пузырь. В ономастических справочниках фамилия не разбирается подробно, но её однокоренные «собратья» (Болбышев, Болбат, Болбин) встречаются в писцовых книгах XVI–XVII веков по Новгороду и Твери.