Фамилия Болбышева — женская форма фамилии Болбышев. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Болбыш. Это слово почти наверняка связано с диалектным глаголом «болбыкать» или «болботать» — говорить невнятно, бормотать, издавать нечленораздельные звуки. Человек, получивший такое прозвище, мог быть неразговорчивым, говорить быстро и скомканно или, наоборот, иметь дефект речи. Это типичная для русских фамилий модель: от глагольной основы через суффикс -ыш- образовали прозвище, характеризующее поведение или манеру речи (сравните: Молчун — Молчыш, Ворчун — Ворчыш, Болтун — Болтыш). Суффикс -ыш- в прозвищах часто придавал оттенок ласкательности или уменьшительности, но в данном случае он скорее указывал на устойчивую особенность человека.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «болбыш» — так в некоторых говорах называли небольшой холмик, бугорок, кочку. Тогда прозвище могло относиться к человеку невысокого роста, коренастому, либо к тому, кто жил на возвышенности. Однако речевая версия кажется более естественной для прозвищного имени, так как внешние признаки чаще описывались через другие суффиксы.

Фамилия редкая и географически привязана к северным и центральным регионам России. Встречается в старых переписях Вологодской, Архангельской и Костромской губерний. Появление фамилии на -ин (а не на -ов) указывает на то, что основа Болбыш оканчивалась на шипящий или мягкий согласный, и модель образования стандартная: чей? — Болбышев, то есть сын Болбыша. В женской форме — Болбышева — фамилия сохраняет ту же грамматику: дочь или жена Болбышева.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Болбышев, Болбашев, а также более известная и распространённая Болбочан (украинского происхождения). Все они восходят к звукоподражательной основе «болб-», связанной с невнятной речью. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются в разделе прозвищ, образованных от физических недостатков и особенностей речи.

Таким образом, предок носительницы фамилии Болбышева — скорее всего, человек из крестьянской или посадской среды, получивший уличное прозвище за манеру говорить. Фамилия не дворянская и не искусственная (семинарская), а бытовая, народная, что делает её типичным образцом русской ономастики XVI–XVII веков.