Фамилия Болубаева — вариант женского рода от мужской фамилии Болубаев. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Болуба́ева, хотя в живой речи встречаются варианты. Основа фамилии — прозвище или личное имя Болубай.

Разберём состав. Корень «бол-» здесь, вероятно, восходит к тюркскому слову «бол» — «будь», «стань» (повелительная форма глагола «быть»). Вторая часть «-убай» — типичный для тюркских имён компонент, означающий «богач», «богатый» (ср. казахское «бай», узбекское «бой»). Таким образом, Болубай — сложное имя-пожелание: «будь богатым» или «стань богачом». Такие имена давали мальчикам, желая им благополучия и достатка.

Модель образования фамилии простая: к основе Болубай добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Болубаев — буквально «сын Болубая». Фамилия закрепилась в среде, где тюркские имена активно русифицировались при переходе к фамильной системе, вероятно, в XIX — начале XX века.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Казахстан, Киргизия, Башкортостан, Татарстан. Встречается и у русских, но как наследие смешанных браков или переселений. Интересно, что в русских документах фамилию могли записать и как Болубаев, и как Болубаевъ (с твёрдым знаком), а в советское время — с окончанием -ая у женщин.

Редкость фамилии — в её прозрачной, но неочевидной для нерусского уха семантике. Человек с такой фамилией может не знать, что его предок носил имя-пожелание, которое должно было обеспечить ему и его роду богатство.