Фамилия Бомбоева — женская форма мужской фамилии Бомбоев. В основе лежит прозвище или дохристианское имя Бомбой. Чтобы понять его происхождение, нужно смотреть на регион бытования: фамилия характерна для бурятской и калмыцкой ономастики.

В бурятском языке слово «бомбо» (бомбогор) означает «круглый», «шарообразный». Имя Бомбой могло даваться ребёнку как оберег — полный, крепкий, здоровый малыш. В традиционной культуре такие имена не считались обидными, наоборот, они должны были обмануть злых духов: назовут полным — а ребёнок будет расти сильным. В калмыцком языке есть близкое «бомб» — «шар», «клубок», отсюда же имя Бомба, которое встречается в исторических документах XVII–XVIII веков среди калмыцких тайшей и простых кочевников.

Другая версия — связь с буддийским термином «бомба» (санскр. bumba — сосуд, кувшин), который в тибетской и монгольской традициях означал ритуальный сосуд для воды. В этом случае прозвище мог получить человек, имевший отношение к храму или обрядам, либо просто носивший характерную внешность — полный, как кувшин.

Суффикс -ев в фамилии — русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилий в XIX веке, когда бурятские и калмыцкие роды переходили на оседлый образ жизни и включались в имперскую систему учёта. Первоначально это было отчество: «сын Бомбоя». Со временем отчество закрепилось как фамилия, а женская форма Бомбоева появилась естественным путём — как обозначение жены или дочери Бомбоева.

Встречается фамилия преимущественно в Бурятии, Забайкальском крае, а также в Калмыкии. За пределами этих регионов — единичные случаи, связанные с миграцией в XX веке. Родственные фамилии: Бомбаев, Бомбошкин, Бомбогоров — все с той же основой, указывающей на округлую форму или полноту.

Сословно предки носителей фамилии относились к простым скотоводам или казакам (в Забайкалье буряты входили в казачье сословие). Дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах нет.