Фамилия Бомштейн — типичный пример сложносоставной немецкой фамилии, которая в XIX веке часто становилась искусственным обозначением для еврейского населения. Её разбирают на две части: первая, bōm (средненижненемецкое «дерево»), и вторая, Stein («камень, скала»). Смысл прозвища, скорее всего, указывал на место — дом или участок в горной местности рядом с большим деревом. Однако для еврейских фамилий той эпохи буквальное значение было не главным.

Массовое присвоение фамилий евреям в Австрийской империи, Пруссии и Российской империи (конец XVIII — середина XIX века) породило целый пласт «искусственных» фамилий. Чиновники или сами носители нередко составляли их из двух немецких корней, иногда без прямой связи с реальным ландшафтом. Бомштейн стоит в одном ряду с такими примерами, как Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево») или Квечман («высказываться неохотно»). Эти фамилии не описывали человека, а скорее служили формальным идентификатором, часто с оттенком случайности или бюрократического произвола.

Типологически Бомштейн — это фамилия-композит, где оба корня — нарицательные существительные. Окончание отсутствует, что характерно для немецких фамилий, заимствованных в русский язык без изменений. Географически такие фамилии концентрировались в регионах, где немецкий язык был языком администрации или торговли: Пруссия, Галиция, Волынь, Прибалтика. В России после черты оседлости Бомштейны оседали в западных губерниях, а затем мигрировали в крупные города.

Версия о реальном прозвище по месту жительства («у камня и дерева») правдоподобна, но менее вероятна: в немецкой среде подобные топонимические фамилии обычно образовывали с предлогами (например, Zum Baumstein), а не с простым слиянием корней. Искусственное происхождение объясняет и лаконичность формы, и её полную прозрачность для немецкого уха.