Фамилия Боначева образована от мужского прозвища Бонач. Само прозвище, скорее всего, имеет западнославянские корни, что сразу выделяет эту фамилию на фоне типичных русских.

Первая, и самая правдоподобная версия, связывает прозвище с чешским словом bon, которое означает «пастбище» или «выгон». В таком случае прозвище Бонач получал человек, чья жизнь была связана с выпасом скота: либо сам пастух, либо владелец скота, либо тот, кто жил рядом с общинным выгоном. Это бытовое, «географическое» прозвище, типичное для сельской местности.

Вторая версия отсылает к польскому слову bon — «талон», то есть ценная бумага или документ, дающий право на получение чего-либо. Согласно этой гипотезе, Боначем могли прозвать изготовителя или распространителя таких талонов. Однако эта версия менее вероятна: слово bon в значении «документ» пришло в польский из французского и вряд ли стало бы основой для устойчивого прозвища в крестьянской среде, где фамилии и закреплялись.

Что касается суффикса, фамилия Боначева образована по стандартной русской модели: к основе прозвища (Бонач) добавился суффикс принадлежности -ев, указывающий на родство («чей?» — Боначев). Женская форма Боначева — это грамматически правильное изменение по роду, закрепившееся в документах. Таким образом, предок носительницы этой фамилии — мужчина по прозвищу Бонач, которое, скорее всего, указывало на его занятие или место жительства, связанное с пастбищем.