Фамилия Бонарева — женская форма, в то время как мужская, Бонарев, встречается реже и часто вызывает вопросы из-за неочевидного корня. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Бонаря), и добраться до основы «Бонарь».

Самая вероятная версия — профессиональное прозвище. В южнорусских и украинских говорах «бонарь» (или «бондарь») — это мастер по изготовлению бочек, кадок и другой деревянной посуды. Слово пришло из немецкого Böttcher через польское bednarz. Фонетически «Бонарь» — это упрощённая форма «бондарь», где звук «д» выпал при произношении, что типично для диалектов. Таким образом, родоначальник Бонаревых мог быть ремесленником-бондарем, а фамилия закрепилась за его потомками.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с прозвищем от прилагательного «бонарый» — в некоторых говорах так называли упрямого, своенравного человека. Однако эта гипотеза слабее: слово «бонарый» встречается редко и не имеет устойчивой документальной базы, в отличие от «бондаря».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, а также к территориям бывшей Речи Посполитой, где бондарное дело было широко распространено. Встречаются варианты написания с одной «н» (Бонарев) и с двумя (Боннарев) — последний, скорее всего, результат ошибки при записи или позднейшего осмысления фамилии как иноязычной.

Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, подтверждают, что фамилии на -ев от профессиональных прозвищ — массовое явление, и «Бонарев» вписывается в этот ряд наравне с Кузнецовым, Плотниковым или Гончаровым. Единственное отличие — редкая огласовка корня, которая сбивает с толку при первом прочтении.