Фамилия Бонарцева образована от мужской формы Бонарцев, и её разбор стоит начать с неочевидной, на первый взгляд, основы. Корень «Бонар» не имеет прямых славянских параллелей в значении «добрый» или «родовитый», как могло бы показаться. Скорее всего, это адаптация западноевропейского имени или прозвища. Наиболее вероятная версия — от французского «Bonard» или «Bonhard», где «bon» (добрый, хороший) соединяется с суффиксом, придающим оттенок усиления или пренебрежения. В русском языке такое имя попадало через польское или украинское посредничество, теряя конечный согласный и обрастая типичным русским суффиксом -цев.

Суффикс -цев в фамилии Бонарцев указывает на модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -ец. То есть исходное прозвище звучало как «Бонарец» — человек, которого в сельской общине называли по отцу или по характерному признаку, связанному с «Бонаром». Такая словообразовательная цепочка (Бонар → Бонарец → Бонарцев) встречается реже, чем прямой переход от имени на -ов, что делает фамилию более редкой и локально привязанной.

Географически фамилия Бонарцева тяготеет к южнорусским и западнорусским областям, особенно к регионам, где в XVII–XVIII веках селились выходцы из Речи Посполитой или служилые люди, контактировавшие с иностранцами. В Рязанской, Тульской и Орловской губерниях встречаются следы фамилии, что косвенно подтверждает её происхождение от иноземного прозвища, которое мог получить либо обрусевший шляхтич, либо крестьянин, прислуживавший иностранному офицеру.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с диалектным словом «бонарь» — так в некоторых говорах называли бондаря, мастера по изготовлению бочек. Однако фонетика здесь расходится: «бонарь» дало бы фамилию Бонарёв, а не Бонарцев. Поэтому версия с заимствованным именем остаётся основной.

Что касается сословной принадлежности, фамилия Бонарцев не относится к дворянским или купеческим — её носители, судя по архивным данным XIX века, были в основном государственными крестьянами и мещанами. Это не умаляет её исторической ценности: она фиксирует процесс вхождения западноевропейских личных имён в русскую народную среду, где они переосмысливались и обрастали местными суффиксами.