Фамилию Бондарцева не стоит путать с более распространённой Бондаревой, хотя корень у них общий — «бондарь», то есть ремесленник, изготовляющий бочки, кадки и другую деревянную посуду. Однако суффикс -цев (в женском роде -цева) указывает на иную модель образования. Если Бондарев — это буквально «сын бондаря» (патроним на -ов), то Бондарцев происходит от прозвища или имени Бондарец. Суффикс -ец в русских фамилиях часто имел значение «выходец из» или «маленький, младший»: Бондарец — это, скорее всего, «сын бондаря» или «подмастерье бондаря», то есть человек, который тоже имел отношение к бондарному делу, но не был его полным хозяином.

Такая форма — Бондарцев — характерна для южнорусских и украинских земель, где суффикс -ец в фамилиях встречается чаще, чем в северных говорах. В документах XVII–XVIII веков можно встретить записи: «Ивашка Бондарец» или «Бондарцов сын». Со временем прозвище Бондарец закрепилось как родовое имя, а затем оформилось по стандартной модели притяжательных фамилий: чей? — Бондарцев.

Стоит отметить, что фамилия Бондарцева — женская форма, и в русской традиции она не склоняется по падежам как прилагательное, а остаётся неизменной для женщины. Мужской вариант — Бондарцев. Носители этой фамилии встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждается данными переписей XIX века, где Бондарцевы записаны среди крестьян и мещан. Сословная принадлежность, как и у большинства «ремесленных» фамилий, была преимущественно низкой: предки скорее всего были либо самостоятельными бондарями, либо работниками на промыслах. Редкость фамилии (по сравнению с Бондаревыми) объясняется именно локальным бытованием формы на -ец.