Фамилия Бонапартова — редкий случай в русском ономастиконе: она не исконная, а книжная, принесённая из европейской истории. Её основа — знаменитая итальянская фамилия Буонапарте (Buonaparte), что в переводе означает «хорошая часть» (buona — хорошая, parte — часть, доля). В русском языке она закрепилась в форме Бонапарт через французское произношение, а затем, по законам русской грамматики, от неё образовали женский вариант с типичным суффиксом -ов- и окончанием -а.

Модель проста: к основе Бонапарт прибавили суффикс -ов-, указывающий на принадлежность, и окончание -а. Получилось буквально «относящаяся к Бонапарту», то есть жена или дочь человека с прозвищем или фамилией Бонапарт. В отличие от крестьянских или дворянских фамилий, образованных от имён или прозвищ, эта фамилия почти наверняка не уходит корнями в допетровскую Русь. Она могла появиться у потомков крепостных, чьи предки получили прозвище за сходство с Наполеоном Бонапартом — например, за воинственный нрав, маленький рост или любовь к военной выправке. Такие «исторические» прозвища были особенно популярны в XIX веке, после Отечественной войны 1812 года, когда имя французского императора стало нарицательным.

Версия о прямом родстве с корсиканским родом Буонапарте маловероятна: русские носители фамилии Бонапартова не имеют документальных связей с итальянской знатью. Скорее, это яркий пример того, как громкое историческое имя перешло в разряд бытовых прозвищ, а затем закрепилось в фамилии. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и южных регионах России, что подтверждает её позднее, книжное происхождение — она не успела широко разойтись по стране.

С точки зрения словообразования, суффикс -ов- здесь работает так же, как в фамилиях Иванов или Петров, но основа не каноническое имя, а заимствованное прозвище. В женском роде фамилия Бонапартова сохраняет ту же форму, что и в мужском (Бонапартов), но в быту часто встречается именно женский вариант, возможно, из-за ассоциации с героинями литературных произведений. Написание фамилии устойчивое, с заглавной буквы и без вариантов — это не фамилия, которая могла искажаться в переписях из-за диалектного произношения.