Фамилия Бонченкова — женская форма фамилии Бонченков, и её разбор стоит начать с суффиксальной части. Суффикс -ов-/-ев- указывает на классическую русскую модель образования от мужского прозвища или имени: Бонченков буквально значит «сын Бонченка» или «человек из семьи Бонченко». Сама основа, Бонченко, — это уменьшительная форма от имени или прозвища Бонча, Бонька, которые, в свою очередь, восходят к крестильному имени Бонифатий (от латинского «добрый рок») или к редкому славянскому имени Бон, Боня (возможно, от «бон» — удар, бой). В народной среде Бонифатий часто сокращался до Боня, Бонча, а суффикс -енк- (как в украинских и южнорусских фамилиях) добавлял оттенок принадлежности: «маленький Боня» или «сын Бони».

Географически фамилия Бонченков (и её женская форма) тяготеет к южнорусским и украинским регионам. Суффикс -енко в основе — типичный для украинской ономастики, но в сочетании с русским суффиксом -ов- она встречается в пограничных областях: Курской, Белгородской, Воронежской, а также среди переселенцев на Дон и Кубань. Это указывает на то, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из малороссийских земель, которые позже обрусели или жили в смешанной среде. В отличие от чисто украинской модели (Бонченко, без -ов), форма Бонченков закрепилась в русском документообороте, где фамилии «на -ко» часто русифицировали добавлением патронимического суффикса.

Редкость фамилии — в её двойной уменьшительной цепочке: от полного имени через Боня к Бонченко, а затем к Бонченков. Это говорит о том, что прозвище было не просто бытовым, а закрепилось в нескольких поколениях. Скорее всего, первый носитель (Бонченко) был либо сыном человека по прозвищу Бонча, либо сам носил это уменьшительное имя, а его дети уже стали Бонченковыми. В сословном плане такие фамилии чаще всего принадлежали крестьянам или однодворцам — государственным земледельцам южных окраин, где фамилии окончательно оформились позже, в XVIII–XIX веках.

В написании фамилии встречается вариант с одной «н» — Боченкова, но это уже иная основа (от «бочка»). Бонченкова же чётко сохраняет корень «бон-», что помогает отличить её от более частых фамилий вроде Бондарева или Бонч-Бруевича. Искать её стоит в метрических книгах Курской и Харьковской губерний — там она могла фиксироваться у крестьян и мещан, без связи с дворянскими родами.