Фамилия Бонченко — классический пример украинской фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в Поднепровье, на Слобожанщине и в Запорожье. Суффикс -енко в украинской ономастике означал «сын» или «потомок»: Бонченко — буквально «сын Бончи» или «маленький Бонча». Такая модель охватила сначала казацкую старшину и крестьян, а затем закрепилась как наследственное родовое имя.

Основа фамилии — Бонча. Это краткая форма от крестильного имени Бонифатий (от латинского bonifacius — «благодетель», «делающий добро»). В украинской народной среде длинные церковные имена часто усекали: Бонифатий превращался в Боня, Бонько, Бонча. Так что первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Бонча.

Есть, впрочем, и вторая версия — от прозвища Бонча. В южнорусских говорах «бонча» могло означать болтуна, пустомелю (от «бончать» — бормотать, говорить невнятно). Но эта гипотеза менее вероятна: прозвищная основа реже даёт продуктивную модель на -енко, чем каноническое имя.

В отличие от фамилий вроде Иващенко или Петренко, где корень прозрачен, Бонченко — случай, когда имя-основа почти вышла из употребления. Это делает фамилию хорошим маркером украинского происхождения, но без привязки к конкретному ремеслу или сословию: носители могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черниговщине, где записи XVIII века фиксируют Бонченко среди реестровых казаков.