Фамилия Бонча — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она застыла в той форме, в которой её дали первому носителю. Чаще всего такие «голые» фамилии встречаются у украинцев, белорусов и поляков, и Бонча — типичный пример западнославянского или южнорусского происхождения.

Основа фамилии, скорее всего, связана со старым польским словом «bąk» (произносится «бонк»), которое означало «шмель», «овод» или «слепень». В переносном смысле так могли назвать надоедливого, назойливого человека, а иногда — непоседу или того, кто «жужжит» над ухом. В польской геральдике существует даже герб Бонча (Bącz), и его изображение — лошадиный подкова с крестом — не имеет прямого отношения к насекомому, но показывает, что корень этот в польской культуре древний и знатный.

Вторая версия, менее вероятная, выводит фамилию от итальянского или французского слова «bon» — «хороший». Но в славянской среде, где фамилия зафиксирована, такое заимствование было бы исключением, а не правилом. Куда правдоподобнее, что Бонча — это диалектный вариант отчества или прозвища, которое позже утратило суффикс. В русских говорах слово «бонча» могло означать и бочонок, и толстяка — но это лишь местные ответвления того же звукового гнезда.

Носители фамилии Бонча встречаются в основном на западе Украины, в Беларуси и в восточной Польше. В России она редкая и часто указывает на то, что предки переселились оттуда. Сословной принадлежности угадать почти невозможно: Бончей могли быть и крестьяне, и шляхтичи — герб Бонча носили несколько десятков польских родов, но большинство однофамильцев к ним не относились. Фамилия не изменила форму за столетия, и сегодня её обладатель носит прозвище предка так же, как то звучало при его жизни.