Фамилия Бонит — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не имя, а напрямую слово из профессионального или книжного оборота. В русском языке она почти не встречается и, скорее всего, имеет западное происхождение, хотя могла быть и искусственной — семинарской или школьной.

Первый и самый очевидный источник — латинское слово bonus, что значит «хороший, добрый, благой». В среде духовенства и преподавателей XVIII—XIX веков было принято давать семинаристам «благозвучные» фамилии на латинской основе. Бонит могла быть образована от прилагательного bonus по продуктивной модели: отсекли окончание и добавили русский суффикс -ит (как в фамилиях Бенедиктов, Амалицкий, но с другим суффиксом). Другой вариант — от латинского bonitas («доброта, благость») с усечением финали. В таком случае фамилия означает «добрый человек» или «благостный» и могла принадлежать либо выпускнику семинарии, либо человеку, который получил прозвище за мягкий нрав, но уже в русифицированной, «учёной» форме.

Менее вероятно, но возможно, что Бонит — это германская фамилия, записанная на слух. В немецком языке есть слово Bonit (от французского bonnet — «шапка, колпак») или фамилия Bonitz, восходящая к славянскому имени Бонислав, но с утратой слога. Однако в русском контексте такая фамилия почти не встречается в дореволюционных метрических книгах, что говорит о её единичности или о том, что она появилась поздно, в XX веке, при смене документов.

Интересная деталь: суффикс -ит в русских фамилиях нехарактерен. Обычно он появляется в словах греческого происхождения (например, «иерихонит» — житель Иерихона) или в искусственных фамилиях, которые придумывали учителя для учеников. Так что Бонит — почти наверняка фамилия не крестьянская и не ремесленная, а «кабинетная»: её могли дать в духовном училище или приписать в канцелярии при выдаче паспорта. Если у вас есть семейное предание, что предки были из духовного сословия или учились в гимназии, эта версия становится основной. Если же фамилия редкая и вы не знаете её корней, скорее всего, она не старше середины XIX века.