Фамилия Борботунова — женская форма, а мужская, Борботунов, образована с помощью патронимического суффикса -ов. Основа здесь — не имя и не профессия, а прозвище Борботун. В русской ономастике это редкий случай, когда в основе лежит звукоподражательный глагол. Скорее всего, прозвище дали человеку, который говорил невнятно, бормотал, «борботал». В диалектах русского языка слово «борботать» означало «говорить быстро и неразборчиво», «журчать», «ворчать». Человек с таким прозвищем мог быть неразговорчивым или, наоборот, постоянно что-то негромко бормотавшим себе под нос.

Есть и другая версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания. В южнорусских и украинских говорах «борботати» могло означать «бродить», «шататься без дела». Тогда Борботуном называли непоседливого человека или бродягу. Однако первое толкование — звукоподражательное — встречается в ономастических работах чаще, так как прозвища по манере речи были широко распространены на Руси.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Суффикс -ун- в основе (Борбот-ун) типичен для прозвищ, образованных от глаголов: говорун, ворчун, молчун. Борботун — из того же ряда. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, закрепившаяся в документах при переписях населения в XVIII–XIX веках. Сейчас она редкая, но встречается в Ростовской, Воронежской областях и в Краснодарском крае — регионах, куда активно переселялись малороссы.

Интересно, что фамилия Борботунов не имеет ничего общего с тюркскими корнями, хотя по звучанию может показаться иноязычной. Это чисто славянское прозвище, построенное по живой народной модели. Носитель фамилии может быть уверен: его предок был заметен не делом или ремеслом, а особенностью речи — ворчливой, быстрой или негромкой.