Фамилия Борхуу — редкий случай, когда написание практически не оставляет сомнений в происхождении. В ней нет русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами не адаптированная, а исходная форма фамилии, скорее всего, тюркского или монгольского корня. Основа «борх» или «борху» в тюркских языках связана с понятиями «клубок», «сверток», «комок» или «пучок». В переносном смысле так могли назвать человека плотного телосложения, коренастого или того, кто постоянно что-то носит с собой в узле.

Вторая часть — «уу» — может быть монгольским суффиксальным элементом, образующим прилагательные или существительные со значением обладания признаком. В таком случае Борхуу означает «комковатый», «сбитый» или «свернутый». В бурятской и калмыцкой ономастике встречаются фамилии, построенные по схожей модели, хотя в русском контексте Борхуу — единичный вариант. Возможно, фамилия закрепилась в письменном виде именно в таком написании при переписи или в документах начала XX века, когда фиксировали звучание на слух без попытки русифицировать.

Географически фамилия Борхуу тяготеет к регионам с бурятским или тувинским населением — Бурятия, Забайкалье, возможно, Тыва. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении от конкретного прозвища, которое не получило широкого распространения. Альтернативная версия — искажение при записи более длинной фамилии, например, Борхуудаев или Борхуунов, где отсекли суффикс. Но без архивных записей это лишь предположение.

Словообразовательная модель здесь не русская, а агглютинативная: корень + аффикс. Если бы фамилию адаптировали по-русски, она звучала бы как Борхуев или Борхунов. Сохранение чистого вида Борхуу — признак того, что носитель или его предки долго жили в среде, где русская паспортная система не требовала обязательного добавления суффикса, либо фамилия была записана в советское время напрямую из национального документа.