Фамилия Борнышев — редкая, но прозрачная по своей структуре. Она образована по типичной русской модели «основа + суффикс -ев» (вариант суффикса -ов после мягкого согласного). Основа здесь — Борныш. Вопрос в том, что означало это слово.

Самое прямое объяснение лежит в диалектной лексике. В русских говорах (прежде всего северных и сибирских) «борныш» или «борыш» — это небольшой лесной зверёк, чаще всего хорёк или ласка. Прозвище Борныш могли дать человеку за внешнее сходство (юркий, маленький, с тёмными волосами) или за повадки (хваткий, скрытный, хитрый). Такие прозвища по названиям животных (Волк, Заяц, Бобр, Лис) были в ходу у крестьян и не несли оскорбительного оттенка — скорее, метко описывали характер.

Менее вероятна, но допустима версия от тюркского имени Борныш (Борыныш), которое могло попасть в русскую среду через татар или башкир. В тюркских языках «борын» означает «нос», а имя-пожелание могло означать «носатый» или «с крепким носом». Однако для фамилии, зафиксированной в центральных и северных регионах России, зоологическая версия выглядит убедительнее.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Борнышев — сын Борныша, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия относится к числу «патронимических» (по отцу) и могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей не позднее XVII века. Владельцы фамилии, скорее всего, жили в районах Вологодчины, Архангельской области или Пермского края — там, где слово «борныш» было в ходу.

Официальных дворянских родов Борнышевых не зафиксировано. Это не значит, что фамилия «простая» — напротив, она сохранила редкое диалектное слово, почти ушедшее из живого языка. В современном мире фамилия встречается редко, в основном в Поволжье и на Урале.