Фамилия Борныков звучит неожиданно резко для русского уха, но её происхождение укладывается в обычную словообразовательную модель. Это типичная «-ов» фамилия, образованная от прозвища или имени Борнык. Суффикс -ык (или -ик) в русских прозвищах часто указывал на носителя какого-то свойства: например, «хромык» — хромой человек. Соответственно, Борнык — это человек, которого прозвали за что-то, связанное с корнем «борн-».

Сам корень «борн-» не является исконно славянским в значении «рождение» (от «рождать»). В русском языке есть слово «борн» — устаревшее название сверла или бурава, инструмента для сверления. В этом случае Борныком могли прозвать мастера, работающего с таким инструментом: плотника, столяра или кузнеца. Версия с инструментом выглядит правдоподобно, так как прозвища по ремеслу давали часто и охотно: Кузнец → Кузнецов, Столяр → Столяров, а Борн → Борныков. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «борныкать» — в некоторых говорах так называли невнятное бормотание или ворчание. Тогда Борнык — ворчун, человек с неразборчивой речью.

Интересно, что фамилия не встречается в массовых списках дворянских родов или в исторических хрониках центральной России. Это указывает на её позднее, крестьянское или мещанское происхождение, скорее всего из северных или уральских регионов, где плотницкое и столярное дело было особенно развито. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её редкой и локальной — возможно, она возникла в одном-двух селах и не получила широкого распространения. Таким образом, предки современных Борныков с высокой долей вероятности были ремесленниками, работавшими со сверлом и буравом.