Фамилия Борнуковская — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается надёжнее попыток разобрать имя или прозвище по косточкам. Скорее всего, её основа — название населённого пункта, а суффикс -ск- указывает на происхождение от топонима, а не от личного имени или ремесла. В русской ономастике фамилии на -ский/-цкий исторически закреплялись за выходцами из городов, сёл или усадеб, причём особенно часто — за дворянами и духовенством, хотя со временем этот суффикс утратил сословную окраску.

Наиболее вероятный претендент на роль «прародины» — село Борнуково. Такое название встречается в Нижегородской области (Борнуково в Бутурлинском районе) и в Чувашии. Оба топонима образованы от слова «бор» — сосновый лес, хвойный массив. Первый переселенец из Борнукова, переехав в другое место, получал прозвище Борнуковский — «тот, кто из Борнукова». Со временем это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия. Форма Борнуковская — женский вариант, который в русской традиции давали дочерям или жёнам.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Борнук. В диалектах слово «борнук» могло означать «ворчун», «брюзга» или относиться к человеку с необычной манерой речи. Однако такая основа редка, а суффикс -овск- в этом случае выглядел бы как Борнуковский, что не меняет сути, но делает версию с топонимом более естественной: названий с корнем «бор» в России десятки, и суффикс -ов- в Борнуково — типичный посессивный (указывающий на принадлежность: «Борново поле» или «Борнов удел»).

В ономастических справочниках фамилия не отмечена как массовая. Это редкая, локальная фамилия, вероятнее всего связанная с центральной Россией. Её носительницы — потомки людей, которые когда-то покинули лесное село и унесли с собой название родного места. Никакой сложной дворянской легенды или загадочного корня здесь нет: просто бор, суффикс и память о том, откуда родом.