Фамилия Борукаев происходит от тюркского мужского имени Борукай. В его основе лежит слово «бору» или «бёрю» — «волк», к которому добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -кай. Получается буквальное значение «маленький волк, волчонок». Такие имена, образованные от названий детенышей зверей, были широко распространены у тюркских народов — они несли пожелание силы, ловкости или служили оберегом.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Борукай прирос русский патронимический суффикс -ев, типичный для фамилий, образованных от имен и прозвищ на мягкий согласный или -й. Так что Борукаев — это буквально «сын Борукая». Фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы: это Северный Кавказ, особенно Осетия и Кабардино-Балкария, а также Поволжье и юг Сибири. Встречаются и варианты написания: Борукаев, Борокаев, реже — с удвоенной «к» или через «а» во втором слоге, что связано с диалектными особенностями произношения исходного имени.

В ономастике подобные фамилии разбирают на стыке тюркологии и славянской антропонимики. Словарь Б. Унбегауна относит их к группе фамилий на -ев, образованных от тюркских личных имен, а работы В. Никонова подчеркивают, что такие имена-обереги часто давали в семьях, где ждали наследника или хотели защитить ребенка от злых сил. Есть и альтернативная версия: связь с тюркским «борук» — «шапка», «меховая шапка», но она менее убедительна, так как суффикс -кай в тюркских именах почти всегда указывает на уменьшительность, а не на предмет.