Фамилия Борукеева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно посмотреть на её основу и суффикс.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. Основа «Боруке» или «Борукее» может восходить к тюркскому слову «бору» — «волк» (в некоторых тюркских языках, например, в казахском или кыргызском). Суффикс «-еев» (фонетически «-еев») — это адаптированный русский патронимический суффикс, который в XIX–XX веках часто добавляли к нерусским основам при оформлении фамилий в официальных документах. Таким образом, исходное прозвище Боруке или Борукее могло означать «волчонок» или «тот, кто связан с волком» — подобные имена были распространены у тюркских народов как оберег или тотемное прозвище.

Вторая, менее вероятная версия — от имени Борукай. У некоторых тюркских народов встречается мужское имя Борукай (или Боруке), которое могло быть уменьшительной формой от «бору» (волк). В этом случае фамилия Борукеева — это «сын Борукая». Такая модель образования характерна для многих фамилий на «-еев» в Поволжье и на Урале, где смешивались русские и тюркские традиции.

Географически фамилия Борукеева встречается в основном в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, а также среди казахов и кыргызов. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о том, что род мог быть немногочисленным или фамилия закрепилась в одной локальной местности. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются.

В русском языке фамилия пишется через «е» после «к» — Борукеева. Вариант «Борукеева» с ударением на второй слог (БорУкеева) более вероятен, хотя в тюркских языках ударение могло падать на последний слог. Однокоренных фамилий (например, Боруков, Борукаев) практически нет в открытых источниках, что подчёркивает уникальность этой фамилии.