Фамилия Ботагарин образована от прозвища Ботагара, которое восходит к нарицательному «ботагары». В переводе с киргизского языка это слово означает «мягкая прокладка под путами ловчей птицы». Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник Ботагариных занимался изготовлением снастей для охоты. По другой версии, основой для прозвища Ботагара послужил топоним Ботагара. Так называется поселения в Тельманском районе Карагандинской области. Так и прозвище Ботагара закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования. Таким образом, потомок человека, которого звали Ботагара, со временем получил фамилию Ботагарин. Так, наличие в фамилии Ботагарин окончания принадлежности -ин, указывает на то, что она сформировалась под славянским влиянием.