Фамилия Ботагарин — редкий пример, где восточное по происхождению прозвище получило русское оформление с помощью суффикса -ин. Этот суффикс в русских фамилиях обычно означает «чей?» — то есть Ботагарин буквально «сын Ботагары» или «потомок того, кого звали Ботагара». Сама фамилия указывает, что её носители жили в славянской среде, но их предок носил явно не славянское прозвище.

Прозвище Ботагара, скорее всего, восходит к киргизскому слову «ботагары» — так называют мягкую прокладку под путами ловчей птицы. Если это так, то родоначальник Ботагариных мог быть сокольником или мастером, который изготавливал снаряжение для охоты с ловчими птицами. Охота с беркутом и ястребом — традиционное занятие в Средней Азии, и человек, знавший толк в оснастке, мог получить прозвище по своему ремеслу.

Существует и вторая версия: Ботагара — это не прозвище, а топоним. В Карагандинской области Казахстана есть поселение Ботагара. Так могли называть человека, который оттуда родом или долго там жил. Такая модель — называть приезжего по названию его прежнего места жительства — встречается и в русской, и в тюркской традиции.

Обе версии правдоподобны, но первая (ремесленная) чуть более конкретна: прозвище, данное по занятию, обычно лучше закрепляется за человеком, чем просто указание на место жительства. Тем не менее без дополнительных генеалогических данных — старых переписей, ревизских сказок или метрических книг — точно определить, какая из них верна, нельзя.

Фамилия Ботагарин — памятник контакта культур: тюркская основа и славянский суффикс. Такие фамилии редко встречаются в чисто русской среде, чаще — у потомков людей, которые перешли в православие или долго жили на территориях со смешанным населением.