Фамилия Ботищева — женская форма фамилии Ботищев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем, от которого она образована. В основе, скорее всего, лежит слово «бот» — так в старину называли небольшое парусное или гребное судно. Человек, строивший такие лодки, управлявший ими или владевший ими, мог получить прозвище Бот. Увеличительный суффикс -ищ- в слове «ботище» указывал на что-то крупное, большое: не просто бот, а большой бот. Соответственно, Ботищем могли прозвать владельца крупного судна или же просто рослого, крупного человека, которого в шутку сравнивали с лодкой.

Модель образования проста: к прозвищу Ботище добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ботищев). Такая модель характерна для фамилий, возникших в XV–XVII веках в среде служилых людей, посадских и крестьян. Фамилия могла закрепиться за потомками человека, которого в документах записали как Ботище.

Версия о происхождении от слова «ботать» (стучать, бить, а также говорить быстро и невнятно) менее вероятна: слово «ботало» дало бы фамилию Боталов, а не Ботищев. Суффикс -ищ- здесь выглядит чужеродно. Также маловероятна связь с диалектным «боть» (глупый человек) — в этом случае ожидалась бы форма Ботев.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает «водную» версию: речное судоходство и промыслы на Волге, Оке и северных реках давали больше поводов для такого прозвища, чем в степной зоне. Исторических документов с ранними упоминаниями Ботищевых найдено мало, что типично для фамилий, образованных от конкретных, а не от календарных имён.