Фамилия Ботищев — редкий пример, где суффикс -ев стоит после шипящего, что сразу указывает на южнорусское или украинское происхождение: в северных говорах и литературной норме после шипящих обычно пишется -ов (Ботишов). В основе лежит прозвище или мирское имя Ботищ, а оно, в свою очередь, образовано от слова «бот» — так на юге России и в Малороссии называли небольшую лодку-долблёнку, а также чёлн. Суффикс -ищ в прозвище указывает на что-то большое или грубое: Ботище — это не просто лодка, а большая, неуклюжая лодка, либо человек, который с ней связан.

Слово «бот» в значении «лодка» — древнее заимствование из германских языков (ср. англ. boat, нем. Boot), оно попало в русские говоры через новгородских и псковских купцов, но закрепилось именно в южных диалектах, где речное судоходство было развито не меньше, чем на севере. Фамилия Ботищев, таким образом, могла принадлежать лодочнику, перевозчику, рыболову или владельцу крупной лодки для перевозки товаров.

Встречается фамилия в основном в бывших южнорусских губерниях — Курской, Воронежской, Харьковской, а также среди казачества. В документах XVII–XVIII веков можно найти прозвище Ботище у служилых людей и крестьян, но фамилия в её современной форме закрепилась позже, после отмены крепостного права, когда массово оформлялись паспорта и метрики.

Иной, менее убедительной версией можно считать связь с глаголом «ботать» — стучать, бить боталом (шестом с колокольчиком для загона рыбы в сети). В этом случае Ботище — человек, который ботает, то есть рыбачит с боталом, или же тот, кто производит шум, бьёт. Однако слово «ботало» даёт фамилию Боталов, а не Ботищев, поэтому версия с лодкой выглядит предпочтительнее.

Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, но это как раз тот случай, когда фамилия хранит память о простом, но конкретном ремесле: предок Ботищевых был человеком реки, чья жизнь проходила на воде — с веслом, сетью или товаром в долблёном челне.