Фамилия Ботобекова — женская форма фамилии Ботобеков, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени Ботобек. Это имя — составное, типичное для тюркской антропонимической традиции, особенно распространённой у народов Средней Азии (киргизов, казахов, узбеков, каракалпаков). Основа «бек» (или «бий») означает «князь», «господин», «правитель», «сильный, знатный человек». Первая часть — «бото» — в киргизском языке имеет прямое значение «верблюжонок» (детёныш верблюда до года).

Соединение этих двух корней даёт имя, которое можно перевести как «князь-верблюжонок» или «господин-верблюжонок». Звучит необычно, но для тюркских имён это норма: в них часто использовали названия детёнышей животных (например, Козубек — «князь-ягнёнок», Кобланбек — «князь-сайгачонок»). Такие имена давали с пожеланием, чтобы мальчик рос крепким, здоровым и ласковым, как молодой верблюд, — животное, которое в степи ценилось за выносливость и силу. Вторая часть имени, «бек», подчёркивала знатное происхождение или надежду на будущее высокое положение.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов (-ев), который присоединяется к тюркским основам: Ботобек → Ботобеков → Ботобекова. Это типичный случай, когда в XIX–XX веках, во время вхождения среднеазиатских регионов в состав Российской империи, местные имена и прозвища фиксировались в документах с русскими патронимическими окончаниями. Носители фамилии почти наверняка имеют корни в Южном Казахстане или Кыргызстане — именно там имя Ботобек встречается чаще всего.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на конкретное сословие: «бек» в имени мог быть как реальным титулом родоначальника, так и просто пожелательной частью. Скорее всего, предки носительницы фамилии были скотоводами-кочевниками, для которых верблюд был важной частью хозяйства. Встречается и вариант написания с одной «о» — Ботбекова, но это уже искажение при записи в загсе.